A partir de la version 5.0.37 de MySQL, une regression a été introduite qui peut avoir un effet très négatif sur le taux de CPU utilisé par MySQL. (jusqu'à x10 sur des serveurs avec un très grand nombre de requète par secondes)
Cette régression est liée à la fonctionnalité SHOW PROFILE non implementée de façon optimale et faisant inutilement appel à la fonction getrusage(), même lorsque le profiling est désactivé.
Pour plus d'infos sur le bug, jetez un oeil ici : http://bugs.mysql.com/bug.php?id=27501
 
Vous pouvez corriger le problème en récupérant une version binaire de MySQL 5.0.44/45 à partir de cette adresse : http://www.dorsalsource.org/

A priori le fix serait présent à partir de la version 5.0.41 officielle de MySQL, donc la dernière version 5.0 de MySQL disponible sur le site de MySQL contient déjà le fix.